TUhjnbcbe - 2021/3/26 8:48:00
近年来，单细胞转录组在越来越多的领域得到应用，这代表着单细胞转录组的成熟，也意味着一篇优秀的文章需要更个性化的分析内容。而个性分析主要有两种方式：（1）对单细胞转录组数据的深入分析。利用表达量构建分化轨迹、调控网络、细胞互作等结果，展现出细胞间潜在的关联关系，以更好地进行分子机制研究。而优质的个性化分析服务一直是基迪奥的优势，从悬液制备到文章发表的服务模式确保客户数据的深入分析。（2）多组学联用。从不同组学的角度去观察同一个样本的特征，可以有效获取核心基因，完成对样本表型的分子机制研究。年，基迪奥的合作客户就利用单细胞转录组和免疫组研究了儿童结肠炎的cAMP介导的致病机制（文章链接：基迪奥客户文章：10X单细胞转录+免疫组发文《cell》）。年11月27日，同一位客户——广州医科大学附属广州市妇女儿童医疗中心儿科研究所张玉霞研究员，与该中心外科实验室的温哲教授、夏慧敏教授团队，以及北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院的白凡教授团队联合，再次在Cell杂志以研究长文的形式发表题为Liverimmuneprofilingrevealspathogenesisandtherapeuticsforbiliaryatresia的研究论文。该研究充分利用单细胞多组学扩展了胆管闭锁的致病机制和潜在治疗手段。基迪奥生物为该项目提供了单细胞转录组以及免疫组标记、测序和售后服务。胆管闭锁（biliaryatresia,BA）是一种由肝外胆管阻塞介导的严重胆管病，在婴儿期可引起病理性*疸和肝衰竭。因地域差异，发病率在1/-1/之间，不治疗会在一年出现肝衰竭。肝门吻合术是现在唯一的治疗手段，但术后依然有50%的患儿因为肝硬化而需要在两年内再次进行肝移植手术，且大多数伴有反复胆管炎、门静脉高压等并发症。文章借助单细胞转录组和单细胞免疫组技术绘制了BA患儿的肝脏免疫细胞图谱，并从免疫的角度解释了BA的肝硬化和肝衰竭机制；在后续的一项探索性临床试验中，发现利妥昔单抗对BA患儿肝脏免疫环境恢复有积极作用。文章从6例BA患儿、6例囊肿癌变患儿和4例无*疸对照儿童的组织活检样本进行单细胞转录组和单细胞免疫组测序，获得个免疫细胞的转录组数据，并划分为42个细胞群体。对CD4+T细胞的克隆型分析，可以看到ex-cTh17和cTh1的共享克隆型在BA患儿中明显升高，IFN-γ的表达量上升可能促进了Th17向Th1的转化。这一转化过程增加了CD4+T细胞的细胞*性作用。CD8+T细胞的亚群细胞数量显示，在BA患儿中，CD8Trm细胞数量增多而CX3CR1+CD8Teff细胞减少，共享克隆型分析显示CX3CR1+CD8Teff细胞具备向CD8Trm细胞转化的能力；而免疫细胞的CX3CR1向肝脏星状细胞CX3CL1的募集和粘附又可以抑制细胞纤维化。所以，细胞*性作用的上升和CX3CR1免疫细胞的减少促进了肝脏纤维化。图1T细胞图谱A)T细胞分群tSNE图；B)不同T细胞亚群在样本的细胞比例；C)不同样本不同CD4+T细胞亚群之间的共享克隆型比例；D)不同样本不同CD8+T细胞亚群之间的共享克隆型比例而对于B细胞的分析，文章主要有三个发现：（1）婴儿在出生后，肝脏依然具备生成B细胞的能力，表现为造血干细胞、pre-pro-B细胞至记忆B细胞、浆细胞一系的细胞的存在；（2）BA患儿肝脏的BCR具有自身免疫的特征，作者认为这是中枢耐受缺陷引起的，进而引起了肝脏损伤；（3）BA患儿肝脏的B细胞发生CSR（classswitchre