病原包括病毒、细菌、真菌、原虫、蠕虫、节肢动物。据统计，病原生物大概有种，是作恶的少数派。
年全球卫生面临的10项威胁中有六项与病原生物直接相关，如全球流感大流行、埃博拉和其它高危病原体、登革热、艾滋病毒、抗微生物药物耐药性、疫苗犹豫。据了解世界卫生组织公布的十二大流行性疾病包括年H1N1流感、埃博拉病毒、奥罗普切病毒病、登革热、肝炎、冠状病毒感染、亨德拉病毒感染、猴痘、黄热病、拉克米亚-刚果出血热、拉沙热、裂谷热。
死神“代言人”——黑死病（鼠疫）——由鼠疫杆菌感染
鼠疫耶尔森菌，俗称鼠疫杆菌，分类学上属肠杆菌科耶尔森菌属。形态为两端钝圆，两极浓染的卵圆形的短小杆菌，革兰染色阴性。长1~1.5微米，宽0.5~0.7微米，有荚膜，无鞭毛、无芽胞。
鼠疫耶尔森菌对外界抵抗力相对较弱，对光、热、干燥及一般消毒剂均较敏感。阳光照射4~5小时，55℃加热15分钟、℃加热1分钟，5%苯酚等均可将其杀灭。然而，在潮湿、低温与有机物内则存活时间延长，在痰和脓液中可存活10~20天，蚤粪中可存活1个月，在人或动物尸体中则可存活数周至数月。
鼠疫耶尔森菌主要产生两种毒素，鼠毒素（外毒素）和脂多糖（内毒素）。外毒素对小鼠和大鼠有很强的毒性，内毒素则会引起人类发热、弥散性血管内凝血（DIC）、休克等。
鼠疫的传染源主要是鼠类及其他啮齿动物，黄鼠、旱獭、褐家鼠、黄胸鼠等为储存宿主，兔、猫、羊、狼、狐、骆驼等也可能成为传染源。鼠疫的传播主要以“鼠-鼠蚤-人”的方式进行，鼠蚤作为媒介，通过鼠蚤的叮咬，鼠疫耶尔森菌感染人群。少数患者的感染可能直接接触了病人的痰液、脓液，或病死畜的皮、血、肉，经破损皮肤或黏膜感染，曾有报道牧民剥食死亡旱獭而造成感染事件。肺鼠疫患者的痰液中含有鼠疫耶尔森菌，且可以通过空气飞沫进行传播。而人群对鼠疫普遍易感，患者恢复后可以建立牢固的免疫力，因而预防接种可以减少感染的概率。
鼠疫的发生，一般最早在鼠-鼠间发病和流行，随后通过鼠蚤的叮咬而传染人。随着病鼠的大批死亡，失去寄生宿主的鼠蚤，转向人群或旱獭、绵羊等动物。人感染鼠疫后，继续通过人蚤、呼吸道等途径传播。临床常见的有腺鼠疫、肺鼠疫和败血症型鼠疫。腺鼠疫的潜伏期一般为2~5天，以急性淋巴结炎为主要特征。鼠疫耶尔森菌进入宿主体内后，被吞噬细胞所吞噬，并能在吞噬细胞内生长繁殖，随之沿淋巴管到达腹股沟和腋下等局部淋巴结，引起严重的淋巴结炎，局部肿胀、化脓和坏死。原发性肺鼠疫的潜伏期几小时到3天不等。病人以高热、咳嗽、胸痛、咯血为主要临床表现，严重者最终因呼吸困难或心力衰竭而死亡。败血症型鼠疫主要发生在重症腺鼠疫、肺鼠疫病人，病菌侵入血流，导致败血症型鼠疫，表现为体温39~40℃，发生DIC和休克，皮肤黏膜可见出血点及瘀斑，全身中毒症状及中枢神经系统紊乱，死亡率较高。死亡患者的皮肤常呈黑紫色，所以鼠疫也叫“黑死病”。